Redan innan britterna och andra européer siktade Afrikas kustremsa, hade landet som numera kallas Botswana, lidit av svåra krig och konflikter mellan olika stammar och folkslag. Difaqane-krigen bröt ut under tidigt 1800-tal på grund av bristen på ledig odlingsbar mark. När européerna anlände, fast beslutna att konvertera landets alla stammar till kristendomen, blev det inte direkt fredligare. Missionärerna spred ut sig i alla de stora stammarna och arbetade grundligt för att implementera den kristna tron hos folket. Det visade sig dock ganska snabbt att missionärsarbetet kom i andra hand efter slavhandeln och andra lukrativa aktiviteter som elfenbenshandel.
Kolonisationens dagar har, som i de flesta länder på denna utsatta kontinent, gjort avtryck på Botswanas historia. I början av 1800-talet anlände européer som hade för avsikt att införa handel och sprida sin religion. När flera europeiska länder började förstå vilka rikedomar som gömde sig i Afrika, så inleddes det utdragna konflikter och bittra krig. Resten av detta århundrade består tragiskt nog av stort förtryck av den lokala befolkningens frihet och det fortsatte en bra bit in på 1900-talet.
Det var inte förrän senare hälften av 1900-talet som landet började röra sig mot självständighet. Med Seretse Khama som ledare befriade sig landet från brittiskt förtryck och år 1966 samlades landet under namnet Botswana. Khama blev statsminister och under hans styre växte sig landet ekonomiskt starkare än någonsin. Han valdes om två gånger och styrde landet ända fram tills sin död år 1980.
Mellan 1970 – 1980 upptäckte man flera områden med värdefull diamant vilket banade väg för landets redan snabbt stigande ekonomi. Från 1966 till 1999 hade Botswana den bäst växande ekonomin i världen, med hela 9 % ökning varje år. Numera är turismen en blomstrande ekonomi för landet och man skyddar varsamt den biologiska mångfalden. Väldigt stora delar av landet är nu naturreservat och välkomnar besökare från hela världen.